Program S2 Pascasarjana yang pertama kali dimiliki UKRIM ialah Program Studi Magister Pendidikan Agama Kristen (M.Pd.). Sebelum Nopember 2009, program studi ini bernama program Magister Teologi dengan konsentrasi Pendidikan Agama Kristen (M.Th.PAK) yang dikelola oleh STTII Yogyakarta. Program ini terhitung langka karena jumlahnya yang masih terbatas di seluruh Indonesia, pada waktu didirikan.

Dengan mengantongi Izin Penyelenggaraan dari Kementerian Agama RI No. DJ.III/Kep/HK.005/421/2009, Program M.Pd.K yang menyelenggarakan perkuliahaannya dengan kombinasi antara block teaching system (modular) dan perkuliahan regule. Para Guru PAK di provinsi DIY, Jawa Tengah, maupun dari provinsi-provinsi lain di Indonesia, baik yang berstatus PNS maupun Guru Tidak Tetap atau guru Yayasan, dapat mengikuti perkuliahaan di tengah-tengah kesibukannya sebagai pengajar di sekolah-sekolah, di kamppus-kampus perguruan tinggi maupun di gereja-gereja, kerena perkuliahan diselenggarakan pada sore hingga malam hari (Senin – Jumat).

Program Studi dari M.Pd.K dirintis oleh seorang Doktor pada bidang PAK, bernama Saria I. Marantika, Ph.D. (†) yang sekaligus menjabat sebagai Ketua Program Studi. Sejak Semester genap 2014/2015, jabatan Ketua Program Studi dipegang oleh Dr. Eka Setyaadi, M.Pd.K. dan telah terakreditasi oleh BAN-PT.